גנומיקה סביבתית הינו תחום מחקר חדש המאפשר לנו להסתכל על סביבות ימיות שונות בצורה שונה שבעזרתה ניתן לחשוף תגליות שהיו עד לאחרונה חבויות.
הערכות עדכניות מרמזות כי מעל 99% מהמיקרואורגניזמים בסביבות שונות אינם ניתנים לבידוד וגידול בתרבית. לפיכך מעט מאוד אינפורמציה ידועה על החיים המיקרוביאלים בסביבה ימית נתונה וכן על תפקיד והפיזיולוגיה של היצורים המרכיבים סביבה זו.
אורגניזמים אלו יכולים להיות מקוטרגים לפילוטיפים שונים בהתאם לגנים של ה- RNA הריבוזומלי שלהם. גנים אלו יכולים לעבור הגברה וגילוי באופן ישיר ממיצוי דוגמת DNA סביבתי, שיבוט הגנים המוגברים וריצופם. בדרך זו אנו למעשה עוקפים את הצורך בבידוד וגידול תרביות לשם איפיון אוכלוסיה בסביבה.
אולם ולמרות שבעזרת שיטה זו ניתן לקבל אינפורמציה בנוגע לאורגניזמים באוכלוסיה, RNA ריבוזומלי בלבד לא מספיק לשם הבנת הפזיולוגיה הביוכימיה והתפקיד האקולוגי של המיקרואורגניזממים הנ”ל.
כיום ניתן לעקוף בעיה זו בעזרת ריצוף הגנום של המיקרואוגניזמים, אפיון הגנים לחלבונים שונים, ושיטות ביואינפורמטיות לשם הגדרת חשיבות ותפקיד כל גן במסלול מטבולי ידוע.
כך ניתן לקבוע את המרכיבים הפזיולוגים והחשיבות האקולוגית של המיקרואוגניזמים השונים בסביבה.